In 1863 kregen een aantal inwoners van Oosterend toestemming tot het oprichten van twee eendenkooien t.w. de Jan Willemskooi en de Rimkeskooi. Beide kooien werden rond 1891 in gebruik genomen. Jan Willemskooi is altijd een redelijk vangende kooi geweest. De stal bestond voor een groot gedeelte uit smienten en pijlstaarten en van deze soorten werden dan ook redelijk grote aantallen gevangen.
De naam van de kooi komt van Jan Willem Cupido die bij de aanleg van de kooi betrokken was.